В первую очередь, я бы разделила каноны по форме издаваемой адаптации на экранизационно-новеллизационный или ветвистый, приквелсиквельный и смешанный. При этом отдельные ветви могут создавать собственные подканоны с характеристиками, отличными от канона исходного.
По статусу издаваемой адаптации я бы разделила канон на официальный, неофициальный и, опять же, смешанный. Отдельно бы выделила полностью авторский канон.
По популярности фандомов в мире я бы разделила бы канон на местный (хотя, думаю, в чистом виде местных канонов мало) и международный.
По количеству фанарта (в широком смысле этого слова) - на адаптационный и неадаптационный
По характеру вселенной - на миробразующий, реальный и псевдореальный (это когда вроде и фантастики нет как таковой, а законы реального мира нарушаются). Альтернативный мир с нефантастическим обоснуем отнесла бы к реальному.
По типу канона в пейринговом смысле - на дженовый, гетный и яойный (не уверена, правда, что так корректно назвать любую гомолитературу).
По лидирующим направлениям в фандоме всё по тому же пейрингу на дженообразующий, гетообразующий и слешогенный (даже в случае, если яой есть в каноне).
Ну, это главные пункты. Можно выделить ещё касательно формы и участия фанатов в ролевых, например)